Биотрубация ( bioturbation ) – совокупность нарушений в почвах, породах и донных отложениях в водных объектах, вызванных деятельностью живых организмов: норы, ходы, следы копания и ползания, а также переработка минерального материала в результате прохода его через желудок организмов. Например, дождевые черви за 100 лет могут пропустить через себя слой почвы толщиной до 0,5 м. Активной биотрубации подвержены донные отложения озёр и Мирового океана.